Supercomputer in Göttingen

© Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie
Text von: redaktion

Am Göttinger Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie ist ein neuer Supercomputer im Einsatz. Statt normaler Prozessoren (CPUs) rechnet dieser mit modernen Grafikchips (GPUs), die bislang hauptsächlich Bilder auf Monitore produziert haben.

Wissenschaftler können dank des neuen Supercomputers 3D-Strukturen biologischer Makromoleküle aus elektronenmikroskopischen Bildern bis zu 100-mal schneller berechnen. Um diese Geschwindigkeit weiter zu steigern, sind am Institut 340 dieser schnellen Grafikkarten in einem wassergekühlten Cluster zusammengefasst.

Die dadurch erreichte Geschwindigkeit wird weltweit nur noch von wenigen Großrechenanlagen übertroffen. Denn mit seiner Rechenleistung kommt der neue Göttinger Computer-Cluster unter die Top 20 der derzeit weltweit schnellsten Supercomputer. Im Vergleich zu ähnlich schnellen CPU-basierten Supercomputern verbraucht er dabei nur einen Bruchteil an Energie, Platz und Anschaffungskosten.

„Zum Einsatz kommen im neuen Cluster sowohl fertige Lösungen des Grafikkartenherstellers NVIDIA als auch eine eigene Konstruktion, die in den Werkstätten am Max-Planck-Institut für biophysikalische Chemie mit uns zusammen entwickelt wurde“, sagt Holger Stark, Leiter der Forschungsgruppe Dreidimensionale Kryo-Elektronenmikroskopie.

„Uns interessieren besonders Makromoleküle, die in menschlichen Zellen an allen wichtigen Schritten der Protein-Herstellung beteiligt sind“, erklärt Strukturbiologe Stark. „Unser Ziel ist es, hochaufgelöste Einblicke in die Strukturen und dynamischen Abläufe dieser lebenswichtigen zellulären „Nanomaschinen“ zu erhalten“. Dafür werden dreidimensionale Strukturen aus mehreren Millionen elektronenmikroskopischen Projektionsbildern einzelner Moleküle berechnet.